FK Dukla Praha patří mezi 10 současných prvoligových klubů, jenž nechyběly ani v premiérovém ročníku samostatné české nejvyšší soutěže 1993/1994. Tou dobou však už vyvrcholila krize, která ji zasáhla počátkem 90. let a po předchozích sezonách, kdy již hrála o záchranu, tentokrát skončila beznadějně poslední a 12 let poté, co naposledy získala mistrovský titul, sestoupila dokonce až do 3. ligy.

Již v závěrečné československé ligové sezoně 1992/1993 dostávala nevídané příděly – mimo jiné v domácích utkáních s Českými Budějovicemi 2:7 a se Slavií 0:6, v Bratislavě s Interem 1:8 a se Slovanem 1:6. Dohromady obdržela 74 branek, což bylo nejvíce od doby, kdy došlo k rozšíření 1. ligy na 16 účastníků. Na podzim následujícího ročníku, který zahájila šesti prohrami za sebou, utrpěla dodnes rekordní debakl v české lize na Žižkově 0:7, ještě o měsíc dříve doma podlehla Spartě 2:6. Konečný počet 68 inkasovaných gólů je 3. nejvyšší v samostatné lize; rekord drží Benešov, jenž hned o rok později dostal 78 branek, loni se mu přiblížily České Budějovice – 72.

Dukla v této sezoně vyhrála pouze jednou (!), což se předtím „podařilo“ pražskému Motorletu v jeho jediném prvoligovém ročníku 1963/1964 (tj. přesně o 30 let dříve), shodou okolností v době, kdy klub z Julisky zažíval svou nejúspěšnější éru a získal 4. titul v řadě. Zmíněnou výhru vybojovala v Hradci Králové – 1:0, doma tedy nezvítězila vůbec – totéž „dokázali“ ještě vršovičtí Bohemians o 3 roky později. Podruhé a naposledy udržela čisté konto v závěrečném domácím utkání s Plzní – 0:0. Viktoria tak jako jediná v tomto ročníku na její půdě neskórovala.

Dukla se pak ve 2. lize objevila v sezoně 1996/1997 místo Příbrami, která tam působila předchozí 2 roky. Po pomalejším rozjezdu si poté od 7. kola připsala 23 zápasů po sobě bez porážky, neustále zvyšovala svůj náskok a nakonec získala 71 bodů, o 19 více než 2. postupující Lázně Bohdaneč. O svém postupu rozhodla již 6 kol před koncem po výhře 2:0 v Blšanech (severočeský celek postoupil hned za rok). Nejvyšší soutěž se však už hrála v Příbrami, kam se klub opět přestěhoval a kde se s roční přestávkou (2007/2008) hraje dodnes. Pražská Dukla tak na čas zmizela z fotbalové mapy.

Přesně o 10 let později – v roce 2007 – získala 2. ligu od Jakubčovic, které v ní strávily jediný ročník. Napoprvé obsadila 14. místo, když se zachránila až v posledním kole po vítězství 3:1 nad střížkovskými Bohemians (ti zase naopak měli jistý postup do 1. ligy) a 15. Hlučín už ji nemohl dostihnout. V dalších dvou sezonách se pak umístila v horní polovině tabulky, a to na 5. a 6. příčce. Následující rok (2011) již tuto soutěž vyhrála – se ziskem 63 bodů a osmibodovým náskokem na 2. Žižkov – a po 17 letech se tak vrátila do prvoligové společnosti.

V uplynulých čtyřech sezonách si Dukla vedla poměrně úspěšně a 2x skončila na 7. a také 2x na 6. místě (vždy střídavě), nyní jí v průběžné tabulce patří 9. pozice. Celkem zaznamenala od návratu do 1. ligy už 11 výher se čtyřmi a 2 s pěti vstřelenými góly. Během tohoto kalendářního roku se jí nejvíce dařilo v zápasech s Teplicemi – na jaře je rozstřílela 5:1 a v minulém kole 4:0. Naproti tomu loni na podzim si z Jablonce odvezla vysokou porážku 0:6 a jen o 2 kola dříve z Uherského Hradiště 1:5.

Bilance vzájemných utkání je z plzeňského pohledu aktivní – 11-7-3-1. Zatím poslední zápas, hraný před čtyřmi měsíci, však Viktoria prohrála a tímto odstartovala černou sérii, která trvala přesně 14 dní a způsobila vyřazení z kvalifikace o Ligu mistrů a remízy se Slováckem a v Teplicích – obě 2:2. Výměna trenérů na sebe pak již nenechala dlouho čekat. Naopak aktuálně nejdéle sloužícího kouče má právě Dukla – Luboš Kozel ji totiž vedl už v době, kdy se ještě nacházela ve 2. lize.

V historii české nejvyšší soutěže Dukla Praha dosud sehrála 165 zápasů s bilancí 48-53-64. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Ostravou (5x), remizuje se Slavií (6x) a prohrává s Plzní a se Spartou (shodně 7x). Ještě nikdy neporazila Slavii a nevstřelila branku na Spartě. Už 11x v řadě nezvítězila venku, poslední 4 utkání však skončila nerozhodně. Ve 2. lize odehrála 5 sezon (150-73-38-39).