Tým z Ázerbájdžánu byl založen v roce 1951 a reprezentuje město Agdam. Celkem čtyřikrát se radoval ze zisku titulu v tamní Premier League. Poprvé ligu vyhrál v roce 1993, což byl druhý ročník soutěže. V posledních letech je Karabach nejlepším ázerbájdžánským klubem a ligu vyhrál třikrát po sobě. K tomu se může pyšnit hned 5 tituly pro vítěze poháru. Zápasy v evropských soutěžích hraje na národním stadionu Tofika Bachramova v Baku pro 31 tisíc fanoušků.

Do bojů o evropské poháry Karabach poprvé zasáhl v sezoně 1996/1997. O rok později se v 1. předkole poháru UEFA utkal s českým týmem FK Jablonec a se Severočechy prohrál celkově 0:8. Od té doby se ale soupeř Viktorie výrazně posunul vpřed a snaží se probojovat do základní skupiny Ligy mistrů. V sezoně 2014/2015 vypadl ve 3. předkole s Redbullem Salzburg, následně se poprvé v historii probojoval aspoň do základní skupiny Evropské ligy. Jako nováček skončil na třetím místě za Interem Milán, Dněpropetrovskem a za sebou nechal Saint-Étienne. V loňské sezoně se situace opakovala. Ve 3. předkole nestačil Karabach na Celtic, ale probojoval se do Evropské ligy, kde skončil poslední za Tottenhamem, Anderlechtem a Monakem.

Nejdůležitější postavou Karabachu je trenér Gurban Gurbanov. Bývalý skvělý útočník, který nastřílel 178 branek ve 399 ligových zápasech, vede tým od roku 2008. Pod jeho vedením se klub postupně dostal na pozici nejlepšího týmu v Ázerbájdžánu a přicházejí i úspěchy na evropském poli.

Klíčovou postavou Karabachu je španělský křídelní útočník Dani Quintana a také nejlepší střelec Brazilec Reynaldo. V týmu působí spousta zahraničních fotbalistů - třeba brankář Sehič z Bosny a Hercegoviny a albánský obránce Agolli. V kádru mužstva je také sedm ázerbájdžánských reprezentantů, jedním z nich je kapitán Rašat Sadygov.

Viktoria Plzeň se s Karabachem už jednou utkala a to v přátelském utkání v červenci 2014 ve Westendorfu. Západočeši prohráli 1:3, branku Viktorie vstřelil Daniel Kolář. V roce 2011 Plzeň v přípravném zápase střetla s dalším ázerbájdžánským klubem Neftči Baku a červenomodří vyhráli díky brance Mariána Čišovského 1:0.