FC Vysočina Jihlava působí v české nejvyšší soutěži celkově 5. sezonu, což je nejméně ze všech nynějších prvoligových klubů. Do 2. ligy vůbec poprvé ve své historii postoupila v roce 2000, přestože v MSFL obsadila 2. příčku za HFK Olomouc. Po odstoupení NH Ostrava, jenž strávila ve 2. lize 2 roky, se totiž uvolnilo ještě jedno místo. O 5 let později se dočkala i premiérové účasti v 1. lize, kterou však po roce opět opustila. Na návrat zpět si pak musela počkat dalších 6 sezon.

Během jedenácti druholigových let se vždy umístila v horní polovině tabulky, když prostřídala všechny pozice od 2. do 7. příčky. Nejčastěji obsazovala 7. místo (celkem 3x). Obě její postupové sezony byly v porovnání s ostatními něčím výjimečné. Ročník 2004/2005 se (po sedmi letech) stal již 2. v této soutěži, jenž se dohrával pouze s patnácti účastníky – před začátkem jarní části totiž došlo k vyřazení Bohemians a tím i k anulování jejich výsledků. Jihlava přezimovala na 5. místě a až zlepšeným závěrem, v němž z posledních šesti zápasů 5x vyhrála a 1x remizovala, se vyhoupla na konečnou 2. pozici. Lépe se jí vedlo na soupeřových hřištích, kde získala o 6 bodů více než doma. Jen s Viktorií Plzeň prohrála obě utkání.

V tomto ročníku však ještě z 1. ligy navíc – a to už natrvalo – vypadly Drnovice, přestože obsadily 9. pozici. Tímto se uvolnilo místo pro 3. celek druholigové tabulky Plzeň, která postoupila dodatečně a jako jediná z někdejších tří nováčků v nejvyšší soutěži působí bez přerušení dodnes (Most, jenž tenkrát 2. ligu vyhrál, spadl po třech letech a loni sestoupil až do ČFL). Pouze 2 současné prvoligové kluby – Viktoria Plzeň a Vysočina Jihlava (nebudou-li se počítat Bohemians) – se před jedenácti lety nacházely o soutěž níž.

Až v závěrečném kole následující sezony 2005/2006 se právě mezi touto dvojicí rozhodovalo o tom, kdo doprovodí Blšany do 2. ligy. Jihlavě stačilo doma porazit Slavii, podlehla jí však 0:3 a po výhře 3:1 na Spartě se udržela Plzeň, která tak poskočila na 14. místo a je to vůbec naposled, kdy hrála o záchranu. Rok nato skončila na 6. pozici, což tehdy znamenalo její největší úspěch od roku 1994. Jihlava se naopak do 1. ligy mohla při troše štěstí vrátit dříve než po šesti letech.

Postup si vybojovala až v ročníku 2011/2012, přestože jej zahájila dvěma vysokými domácími porážkami – 0:3 se střížkovskými Bohemians a 2:5 s Ústím nad Labem, jenž právě sestoupilo z 1. ligy. I přes tento nevydařený úvod se pak dokázala posunout na 2. místo, které jí patřilo i v konečné tabulce. Výjimečná na této sezoně byla skutečnost, že vítěz soutěže (výše uvedené Ústí nad Labem) nakonec nepostoupil. Stejně dopadl i 3. Sokolov a tak se vrátila zpět hned po roce 4. Zbrojovka Brno.

Jihlava svou obnovenou prvoligovou premiéru otevřela sérií pěti nerozhodných výsledků po sobě (!), poté zvítězila v Mladé Boleslavi a nad Ostravou. Poprvé (ale zato pořádně) odešla poražena až v 8. kole v Brně – 1:5. V této sezoně hned 15x remizovala, čehož naposledy dosáhly České Budějovice v ročníku 2008/2009, kdy si připsaly navlas shodnou bilanci (30-7-15-8) jako před třemi lety Vysočina a také obsadily 10. místo. Absolutní rekord v počtu remíz v samostatné 1. lize je ještě o jednu vyšší (16) a dělí se o něj Teplice (2005/2006) a Most (2006/2007).

Bilance vzájemných utkání je mírně nakloněna v plzeňský prospěch - devět zápasů s výsledkem 4-3-2. Viktoria uspěla v obou zápasech v uplynulém roce – v květnu si po domácí výhře 2:0 definitivně zajistila 3. mistrovský titul, v říjnu pak v Jihlavě vyhrála 4:2 a vůbec poprvé skórovala 4x na půdě soupeře v průběhu jediného poločasu! Podruhé se jí totéž podařilo již o 5 týdnů později v Ostravě, tam navíc udržela čisté konto. Nyní má za sebou sérii 11 vítězství v řadě, čímž vyrovnala vlastní rekord z podzimu 2010 (2.–12. kolo). V nadcházejícím sobotním utkání, v němž je vysokým favoritem, jej tak může překonat. Oba kluby se v minulosti utkaly i ve 2. lize, kde společně odehrály 3 sezony během let 2001–2005 (5-0-1).

V historii české nejvyšší soutěže Vysočina Jihlava dosud sehrála 142 zápasů s bilancí 39-44-59. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Slavií a Brnem (s oběma shodně 5x), remizuje s Libercem (také 5x) a prohrává se Slováckem (7x). Nejvýraznější prohru i výhru zaznamenala v předminulé sezoně – v listopadu 2013 utrpěla v Příbrami debakl 0:5 a 4 měsíce poté naopak stejným poměrem rozstřílela Olomouc. Loni v listopadu, tedy v právě probíhajícím ročníku, si z Mladé Boleslavi odvezla výprask 1:6. Ve 2. lize strávila 11 sezon – 328 zápasů -149-85-94.