FK Dukla Praha patří mezi deset současných prvoligových klubů, jenž nechyběly ani v premiérovém ročníku samostatné české nejvyšší soutěže 1993/1994. Tou dobou však už vyvrcholily potíže, do kterých se dostala počátkem 90. let a po předchozích sezonách, kdy již hrála o záchranu, tentokrát skončila beznadějně poslední a 12 let poté, co naposledy získala mistrovský titul, sestoupila dokonce až do 3. ligy.

Již v závěrečné československé ligové sezoně 1992/1993 dostávala nevídané výprasky – mimo jiné doma s Českými Budějovicemi 2:7 a se Slavií 0:6, v Bratislavě s Interem 1:8 a se Slovanem 1:6. Počet obdržených branek se zastavil na čísle 74, což bylo nejvíce od doby, kdy se 1. liga rozšířila na 16 účastníků. V následujícím ročníku, který zahájila šesti prohrami po sobě, pak utrpěla rekordní debakl v české lize na Žižkově 0:7, za zmínku stojí i domácí příděl se Spartou 2:6 ještě o měsíc dříve. Konečný počet 68 inkasovaných gólů je druhý nejvyšší v samostatné lize; rekord drží Benešov, jenž hned o sezonu později dostal 78 branek.

Dukla v této sezoně vyhrála jen jeden zápas (!), čehož naposledy dosáhl pražský Motorlet o 30 let dříve ve svém jediném prvoligovém ročníku 1963/1964, shodou okolností v době, kdy klub z Julisky zažíval svou nejúspěšnější éru a získal 4. titul v řadě. Zmíněnou výhru vybojovala v Hradci Králové – 1:0, doma tedy ani jednou nezvítězila – totéž se „podařilo“ už jenom rovněž sestoupivším Bohemians o tři roky později. Podruhé a naposledy udržela čisté konto v závěrečném domácím utkání s Plzní – 0:0. Viktoria tak jako jediná v tomto ročníku na pražské Julisce neskórovala.

Dukla se pak ve 2. lize objevila v sezoně 1996/1997 místo Příbrami, jenž v této soutěži působila v předchozích dvou letech. Po pomalejším rozjezdu poté od 7. kola odehrála 23 zápasů po sobě bez porážky, neustále zvyšovala svůj náskok a nakonec získala 71 bodů, o 19 více než 2. postupující Lázně Bohdaneč. O svém postupu rozhodla již 6 kol před koncem po výhře 2:0 v Blšanech (severočeský celek postoupil hned v dalším roce). 1. liga se však už v Praze nehrála, nebo se klub přestěhoval opět do Příbrami, kde se s jednoletou přestávkou (2007/2008) nejvyšší soutěž hraje dodnes. Pražská Dukla tak na čas zmizela z fotbalové mapy.

Až v roce 2007 získala Dukla 2. ligu od Jakubčovic, které v této soutěži působily jediný ročník. Napoprvé obsadila 14. místo, když o udržení rozhodla až v posledním kole, v němž zdolala 3:1 střížkovské Bohemians (ti zase naopak měli jistý postup do 1. ligy) a 15. Hlučín už ji tak nemohl dostihnout. V dalších dvou sezonách se pak umístila v horní polovině tabulky, a to na 5. a 6. příčce. V následujícím roce (2011) již 2. ligu vyhrála – se ziskem 63 bodů, 2. Žižkov měl o 8 bodů méně – a po sedmnácti letech se tak vrátila do prvoligové společnosti.

V uplynulých třech sezonách si fotbalisté Dukly vedli poměrně úspěšně a postupně obsadili 7., 6. a opět 7. místo, nyní jsou v průběžné tabulce zatím na 5. pozici. Celkem zaznamenali od návratu do ligy až dosud 7 výher se čtyřmi vstřelenými góly a v jarní části předloňského ročníku navíc rozstříleli Jablonec 5:1. A naopak ve čtyřech zápasech čtyřgólový příděl sami obdrželi – a to hned 3x od Viktorie Plzeň a 1x od Teplic. A právě Severočeši byli více než půl roku posledním týmem, nad nímž Dukla doma zvítězila. Poté 8x po sobě nevyhrála, když si připsala pouze 4 body za stejný počet remíz.

Vzájemná bilance je z plzeňského pohledu aktivní (8-5-3-0) a Dukla je vůbec jediná ze všech nynějších prvoligových celků, jenž Viktorii v samostatné nejvyšší soutěži ještě neporazila! Od jejího posledního návratu se Západočechům rozhodně lépe daří na pražské Julisce, kde přesvědčivě vyhráli všechny 3 zápasy s celkovým skóre 11:3. Naproti tomu doma Plzeň naplno uspěla jen jednou – vítězství 4:0 bylo její nejvýraznější v předminulé mistrovské sezoně. O šest měsíců později se však musela spokojit pouze s bezbrankovou remízou a poprvé od roku 1978 (!) tak v domácím utkání vyšla střelecky zcela naprázdno.

V historii české nejvyšší soutěže Dukla Praha dosud odehrála 125 zápasů s bilancí 35 vítězství, 41 nerozhodných výsledků a 49 porážek. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Hradcem Králové (5x), remizuje se Slavií (4x) a prohrává se Spartou a Plzní (shodně 5x). Kromě výše zmíněné Viktorie ještě nezvítězila nad Slavií a Jihlavou, naopak neprohrála s Hradcem a Příbramí. Mimořádného úspěchu dosáhla v předchozím kole, kdy vůbec poprvé v 1. české lize porazila Spartu – 1:0. Naposledy se jí to totiž (navíc navlas stejným skóre) podařilo již před bezmála čtvrtstoletím, v prosinci 1989!