FK Dukla Praha patří mezi deset současných prvoligových klubů, jen nechyběly ani v premiérovém ročníku samostatné české nejvyí soutěe 1993/1994. Tou dobou vak u vyvrcholily potíe, do kterých se dostala počátkem 90. let a po předchozích sezonách, kdy ji hrála o záchranu, tentokrát skončila beznadějně poslední a 12 let poté, co naposledy získala mistrovský titul, sestoupila dokonce a do 3. ligy.
Ji v závěrečné československé ligové sezoně 1992/1993 dostávala nevídané výprasky mimo jiné doma s Českými Budějovicemi 2:7 a se Slavií 0:6, v Bratislavě s Interem 1:8 a se Slovanem 1:6. Počet obdrených branek se zastavil na čísle 74, co bylo nejvíce od doby, kdy se 1. liga rozířila na 16 účastníků. V následujícím ročníku, který zahájila esti prohrami po sobě, pak utrpěla rekordní debakl v české lize na ikově 0:7, za zmínku stojí i domácí příděl se Spartou 2:6 jetě o měsíc dříve. Konečný počet 68 inkasovaných gólů je druhý nejvyí v samostatné lize; rekord drí Beneov, jen hned o sezonu později dostal 78 branek.Dukla v této sezoně vyhrála jen jeden zápas (!), čeho naposledy dosáhl praský Motorlet o 30 let dříve ve svém jediném prvoligovém ročníku 1963/1964, shodou okolností v době, kdy klub z Julisky zaíval svou nejúspěnějí éru a získal 4. titul v řadě. Zmíněnou výhru vybojovala v Hradci Králové 1:0, doma tedy ani jednou nezvítězila toté se podařilo u jenom rovně sestoupivím Bohemians o tři roky později. Podruhé a naposledy udrela čisté konto v závěrečném domácím utkání s Plzní 0:0. Viktoria tak jako jediná v tomto ročníku na praské Julisce neskórovala.
Dukla se pak ve 2. lize objevila v sezoně 1996/1997 místo Příbrami, jen v této soutěi působila v předchozích dvou letech. Po pomalejím rozjezdu poté od 7. kola odehrála 23 zápasů po sobě bez poráky, neustále zvyovala svůj náskok a nakonec získala 71 bodů, o 19 více ne 2. postupující Lázně Bohdaneč. O svém postupu rozhodla ji 6 kol před koncem po výhře 2:0 v Blanech (severočeský celek postoupil hned v dalím roce). 1. liga se vak u v Praze nehrála, nebo se klub přestěhoval opět do Příbrami, kde se s jednoletou přestávkou (2007/2008) nejvyí soutě hraje dodnes. Praská Dukla tak na čas zmizela z fotbalové mapy.
A v roce 2007 získala Dukla 2. ligu od Jakubčovic, které v této soutěi působily jediný ročník. Napoprvé obsadila 14. místo, kdy o udrení rozhodla a v posledním kole, v něm zdolala 3:1 stříkovské Bohemians (ti zase naopak měli jistý postup do 1. ligy) a 15. Hlučín u ji tak nemohl dostihnout. V dalích dvou sezonách se pak umístila v horní polovině tabulky, a to na 5. a 6. příčce. V následujícím roce (2011) ji 2. ligu vyhrála se ziskem 63 bodů, 2. ikov měl o 8 bodů méně a po sedmnácti letech se tak vrátila do prvoligové společnosti.
V uplynulých třech sezonách si fotbalisté Dukly vedli poměrně úspěně a postupně obsadili 7., 6. a opět 7. místo, nyní jsou v průběné tabulce zatím na 5. pozici. Celkem zaznamenali od návratu do ligy a dosud 7 výher se čtyřmi vstřelenými góly a v jarní části předloňského ročníku navíc rozstříleli Jablonec 5:1. A naopak ve čtyřech zápasech čtyřgólový příděl sami obdreli a to hned 3x od Viktorie Plzeň a 1x od Teplic. A právě Severočei byli více ne půl roku posledním týmem, nad ním Dukla doma zvítězila. Poté 8x po sobě nevyhrála, kdy si připsala pouze 4 body za stejný počet remíz.
Vzájemná bilance je z plzeňského pohledu aktivní (8-5-3-0) a Dukla je vůbec jediná ze vech nynějích prvoligových celků, jen Viktorii v samostatné nejvyí soutěi jetě neporazila! Od jejího posledního návratu se Západočechům rozhodně lépe daří na praské Julisce, kde přesvědčivě vyhráli vechny 3 zápasy s celkovým skóre 11:3. Naproti tomu doma Plzeň naplno uspěla jen jednou vítězství 4:0 bylo její nejvýraznějí v předminulé mistrovské sezoně. O est měsíců později se vak musela spokojit pouze s bezbrankovou remízou a poprvé od roku 1978 (!) tak v domácím utkání vyla střelecky zcela naprázdno.
V historii české nejvyí soutěe Dukla Praha dosud odehrála 125 zápasů s bilancí 35 vítězství, 41 nerozhodných výsledků a 49 poráek. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Hradcem Králové (5x), remizuje se Slavií (4x) a prohrává se Spartou a Plzní (shodně 5x). Kromě výe zmíněné Viktorie jetě nezvítězila nad Slavií a Jihlavou, naopak neprohrála s Hradcem a Příbramí. Mimořádného úspěchu dosáhla v předchozím kole, kdy vůbec poprvé v 1. české lize porazila Spartu 1:0. Naposledy se jí to toti (navíc navlas stejným skóre) podařilo ji před bezmála čtvrtstoletím, v prosinci 1989!